Peugeot Boxer II predstavljen je prvi put 2006. Te iste godine masovna proizvodnja započela je u Italiji i Meksiku. Novi Peugeot kombi dobio je još pojednostavljeniji oblik zahvaljujući kojem je bilo moguće smanjiti koeficijent povrata zraka za još nekoliko posto (Cx = 0,31). Peugeot Boxer II trebao je kombinirati korisni teret i svestranost kombija s udobnošću osobnog automobila. Tako je proširen raspon dostupnih karoserijskih inačica i uvedene su neke pogodnosti u vozačku kabinu.
Druga generacija Peugeota Boxera donijela je stilske promjene. Poklopac je jasno odvojen od branika, stvarajući karakterističan prag. Vlasnici i entuzijasti ovog modela primijetili su da kombi ostavlja dojam fleksibilnih mišića. U središtu branika nalazila se plastična rešetka. Boxer II imaju bočna ogledala s ugrađenim pokazivačem. Proizvođač ih je također ponudio u verzijama sa senzorom vanjske temperature u jednom od ogledala. Na stražnjem dijelu vozila pojavila su se nova, modernija stražnja svjetla. Teretna verzija imala je još više teretnog prostora i nudila je 6 varijanti od 8 do 17 m3, a nosivost (4 verzije) se kretala od 1 do 2 tone. Među putničkom inačicom, uz karavan sa 8 putnika, bio je dostupan i minibus s 15 putnika.
Francuski proizvođač automobila odustao je od potpuno benzinskih motora. Provedene analize pokazale su da su benzinske jedinice u dostavnim kamionima nekoliko puta manje popularne od dizelskih motora. Stoga je europska verzija vozila do danas dostupna za prodaju samo s motorima na ulje. U drugoj generaciji Boxera bile su dvije vrste ručnih mjenjača - 5-stupanjski i 6-stupanjski, koji su prenosili snagu ravno na prednju osovinu.
Unutar Peugeota Boxer II bilo je nekoliko izmjena koje bi ga učinile što sličnijim osobnom automobilu. Naravno, proizvođač nije zaboravio dodati nekoliko džepova i pretinaca, što je povećalo svemirski potencijal kombija. Nova verzija dizajnirana je na način da dopušta ugradnju dodatne opreme - automatskog klima uređaja, audio sustava s hands-free kitom ili GPS satelitskom navigacijom. Tijekom godina i razvojem tehnologije postupno su se primjenjivala kasnija rješenja koja se koriste u osobnim automobilima.
U 2014. godini, 8 godina nakon premijere, došlo je vrijeme za facelift Peugeot Boxer II. Promjene su kod nekih ljudi toliko velike da ovu verziju zovu trećom generacijom kombija. Međutim, ovo nije profesionalno imenovanje, jer je proizvođač jasno naznačio da je u pitanju samo facelift. Glavna promjena bila je pregradnja prednje strane koja se uklapala u prevladavajući stil modela francuske marke. Dizajn je trebao uvjeriti ljude zainteresirane za kupnju kombija. Daljnje promjene odnosile su se na opcije konfiguracije. Stražnji dio vozila spušten je za 7 centimetara zahvaljujući korištenju pneumatskog ovjesa. Najveći od ponuđenih modela ima ukupnu težinu od 4 tone, dok verzija za prijevoz ljudi nudi 8 sjedala. Ispod haube opet su se našle dvije dizelske jedinice s istim kapacitetima do sada. Ovoga puta, međutim, manji je motor bio dostupan u tri varijante snage - 110, 130 ili 150 KS. Veća jedinica generira 180 KS. Obnovljena verzija predstavlja nova prednja svjetla sa LED dnevnim svjetlima. Kako bi se osigurala optimalna udobnost za vozače i putnike, sjedala su zamijenjena s potpuno novom generacijom. Funkcionalne promjene uključuju i spremnik za čaše integriran s konzolom i držačem za mobilne uređaje i prijenosna računala.