Rad na drugoj generaciji Fiata Ducato počeo je već 1987. godine. Giorgetto Giugiaro iz tvrtke Ital Design bio je odgovoran za dizajn karoserije. Novi Ducato trebao bi biti proboj u području aerodinamike komercijalnih vozila, zahvaljujući optimalnom (u to vrijeme) smanjenju otpora zraka. Umjereni prednji dio druge generacije Ducatoa doprinio je rezultatu Cx = 0,35, što je bio najbolji rezultat među europskim kombijima u to vrijeme. Stari stil je bio potpuno napušten, nakon proteka vremena. Unutarnje, radno imenovanje novog vozila bio je naziv Tip 230.
Ducato druge generacije predstavljen je prvi put u ožujku 1994. na ženevskom sajmu. Godinu dana kasnije, talijanski kombi osvojio je prvo mjesto na prestižnom natjecanju Van Of The Year. Neka dizajnerska rješenja koja su radila u prethodnoj generaciji su održana. Odlučeno je koristiti pogon na prednjim kotačima, motor je smješten poprečno. Prednji ovjes zasnovan je na McPhersonsu, dok stražnji ima čvrstu osovinu na paraboličnim oprugama. Fokus je bio, međutim, na stvaranju mnogih varijacija tijela s različitim duljinama, visinama i različitim međuosovinskim razmacima. Umjesto da razvijemo Fiat Tolento, jednostavno je odlučeno stvoriti manju, kompaktniju verziju Ducato II s duljinom od 4521-5681 mm i međuosovinskim razmakom od 2850-3700 mm. Fiat Ducato II trebao je biti moderniji, aerodinamičniji i prilagođen potrebama najšireg kruga kupaca. Najčešće su bile verzije s 1.9D dizelskim motorima. U početku je bila dostupna samo jedna verzija benzinskog motora od 109 KS. U rujnu 2000., započela je proizvodnja Fiat Ducato II u Sete Lagoas u Brazilu.
2002. godine Fiat Ducato moderniziran. Osim podizanja karoserije, promijenjena je i unutrašnjost vozila, kao i raspon motora na raspolaganju. To je ujedno i prva Ducato inačica dostupna s pogonom 4x4 u tvorničkoj verziji. Osim toga, razvijen je asortiman benzinskih motora. To su još bile dvolitarske jedinice, ali predstavljene su verzije s pogonom na CNG (97 KS) i UNP (109 KS). Unutarnja je oznaka obnovljenog kombija bila Type 244. Promjene su bile toliko velike da su mnogi osvježenu verziju smatrali potpuno novom generacijom. Najvažniji elementi vozila, kao što su okvir i pokretač, potiču od Type 230, pa se te izmjene smatraju samo podizanjem lica. Sve dizelske jedinice koje su pokretale Ducato II bile su opremljene ubrizgavanjem Common Rail. To se pretvorilo u smanjenje razine izgaranja, uz istodobno povećanje snage. Najjača jedinica generirala je snagu u 146 KS. Dana 15. prosinca 2005. godine, tvrtka je najavila svoj veliki uspjeh. Na današnji dan proizveden je 3-milijuntni Fiat Ducato. Taj je rezultat doprinio povećanju proizvodnje na 9 vozila dnevno. Vrijedno je spomenuti da je Polifting verzija Ducato II bila toliko popularna u Brazilu da se proizvodila do 2018. godine. To je bilo moguće jer u Južnoj Americi nisu postojala ograničenja emisija.
